O Ερμαφρόδιτος παρουσιάζεται στην Ελληνική και Ρωμαϊκή μυθολογία και τέχνη ως το ον που έχει ταυτόχρονα τα χαρακτηριστικά και των δύο φύλων. Η πρωιμότερη αναφορά στον Ερμαφρόδιτο είναι αυτή του Θεοφράστου, τον 4ο αι. π.Χ..... Γνωρίζουμε ακόμα τη συγγραφή ομώνυμου δράματος από τον Έλληνα κωμωδιογράφο Ποσείδιππο, που έζησε στο α’ μισό του 3ου αι. π.Χ., το οποίο δυστυχώς δε σώζεται. Όλες οι άλλες λόγιες πηγές που αναφέρονται σε αυτόν είναι μεταγενέστερες. Ο Διόδωρος ο Σικελιώτης, στα μέσα του 1ου αι. π.Χ., μας πληροφορεί για την καταγωγή και την ονοματολογία του Ερμαφρόδιτου.
Συγκεκριμένα αναφέρει ότι ήταν γιος του Ερμή και της Αφροδίτης και ότι το όνομά του αποτελεί συνδυασμό των ονομάτων των γονέων του. Εκτενέστερα ο μύθος του Ερμαφρόδιτου παραδίδεται από το Λατίνο ποιητή του 1ου αι. π.Χ. Οβίδιο.
Ο Ερμαφρόδιτος ήταν γιος του Ερμή και της Αφροδίτης τον οποίο ανέθρεψαν οι νύμφες στις σπηλιές του όρους Ίδη της Φρυγίας. Στο πρόσωπό του αντιφέγγιζε η χάρη και η ομορφιά και των δύο γονέων του, από τους οποίους πήρε και το όνομά του. Όταν έγινε δεκαπέντε χρόνων, εγκατέλειψε το βουνό όπου μεγάλωσε για να περιπλανηθεί στη Μικρά Ασία και να γνωρίσει καινούργια μέρη. Πέρασε από πόλεις της Λυκίας, καθώς και από την Καρία, όπου σταμάτησε να ξεκουραστεί σε μια πηγή που ονομαζόταν Σαλμακίς, τα νερά της οποίας σχημάτιζαν λίμνη.
Η ομώνυμη νύμφη της πηγής, η φιλάρεσκη Σαλμακίς, μαγεύτηκε από την ομορφιά του νέου και τον ερωτεύτηκε παράφορα. Ο Ερμαφρόδιτος όμως έμεινε ασυγκίνητος και αδιάφορος μπροστά στο ερωτικό πάθος της. Όταν εκείνη ένιωσε πως οι προσπάθειές της να τον κατακτήσει απέβαιναν μάταιες, προσποιήθηκε την αδιάφορη και απομακρύνθηκε από την πηγή. Ο Ερμαφρόδιτος, νομίζοντας ότι έμεινε μόνος, βούτηξε στο νερό της πηγής. Η Σαλμακίς όμως, που είχε κρυφτεί σε ένα γειτονικό θάμνο και παρακολουθούσε τις κινήσεις του νέου, βλέποντάς τον ανυπεράσπιστο μέσα στο βασίλειό της, βούτηξε και αυτή στην πηγή. Ο Ερμαφρόδιτος, όσο και αν προσπάθησε, δεν κατάφερε να ξεφύγει από την αγκαλιά της νύμφης, που τυφλωμένη από το πάθος παρακάλεσε τους θεούς να μη χωρίσουν ποτέ οι δυο τους. Οι θεοί πραγματοποίησαν την επιθυμία της και συνένωσαν τα δύο σώματα σε ένα, δημιουργώντας ένα καινούργιο ον με διττή φύση, ούτε ξεκάθαρα γυναικεία ούτε ξεκάθαρα ανδρική.
Ο Ερμαφρόδιτος, καθώς ένιωθε το σώμα του να αφομοιώνεται με το θηλυκό, καταράστηκε την πηγή και παρακάλεσε τους γονείς του όποιος άντρας πέφτει στα νερά της να χάνει τον ανδρισμό του και να εκθηλύνεται. Ο Ερμής και η Αφροδίτη εισάκουσαν την παράκληση του γιου τους και έδωσαν στην πηγή τη μυστηριώδη αυτή δύναμη. Ο μύθος που παραδίδεται από τον Οβίδιο είναι αιτιολογικός και έχει πιθανώς Ελληνική καταγωγή. Ο ποιητής ξεκινά τη μυθική διήγηση προσπαθώντας να αιτιολογήσει την κακή φήμη που είχε η πηγή Σαλμακίς, για την οποία κάνουν λόγο τόσο ο Στράβων όσο και ο Βιτρούβιος. Παράλληλα ο Οβίδιος αιτιολογεί την ιδιόμορφη φυσιολογία και το ασυνήθιστο όνομα του Ερμαφρόδιτου. Η παράδοξη διττή υπόσταση του Ερμαφρόδιτου προκάλεσε το ενδιαφέρον πολλών συγγραφέων της όψιμης περιόδου, όπως του Λουκιανού, του Μαρτιάλη και του Αυσονίου. Mνεία στον Ερμαφρόδιτο γίνεται και στην Παλατινή Ανθολογία και αφορά μια παράδοση πιθανής ερωτικής συνεύρεσής του με το Σειληνό, που απηχείται στην τέχνη.
